La chiesa ha una pianta rettangolare, costituita da un'unica navata.

Essa si presenta su due livelli: un primo livello dove si sviluppa principalmente la chiesa e un secondo livello costituito da un soppalco dove sono presenti altre panche per i fedeli.

La Chiesa di Sant'Anna presenta una facciata semplice e moderna, in linea con lo stile architettonico del XX secolo. L'aspetto esterno è privo di decorazioni storiche elaborate, ma riflette un’estetica minimale e solida, che valorizza l’architettura contemporanea dell’edificio.

La chiesa dispone di due cappelle principali:

• Cappella del SS. Sacramento: Una cappella semplice ma elegante, rivestita in marmo bianco, che ospita una vetrata con angeli in adorazione (1990) e un rosone del 1970, aggiungendo un’atmosfera solenne e di raccoglimento.
• Cappella di Sant'Anna: Situata alla sinistra dell’ingresso, questa cappella ospita le statue di Sant'Anna e Santa Lucia, realizzate in cartapesta e custodite in un'edicola bifora, esempio dell’artigianato religioso locale.

Nonostante la semplicità dello stile, la chiesa è arricchita da alcune decorazioni di notevole valore:

• Mosaico di Cristo Re: Creato nel 1973 dal professor Pasquale Capone, questo mosaico rappresenta Cristo come Re e Signore dell’Universo e si trova al centro del presbiterio.
• Crocifisso in legno: Collocato nel presbiterio, questo grande crocifisso è un’opera della scuola di Ortisei in Val Gardena (2009), dove Cristo è raffigurato come Re e Signore.
• Via Crucis: Lungo le pareti della chiesa, troviamo una Via Crucis in ceramica di Deruta (1990). Le prime due stazioni raffigurano simboli locali, con immagini della Chiesa Parrocchiale e del Municipio di Afragola.
• Vetrate colorate: Le vetrate della facciata presentano simboli mariani, con un rosone centrale raffigurante l’Annunciazione e due finestre laterali decorate con altri simboli della Vergine.

Il pavimento della Chiesa di Sant'Anna è realizzato in graniglia di marmo, con campiture interne circondate da greche decorative. Le cromie e i motivi del pavimento hanno ispirato anche le pavimentazioni dell’intero complesso architettonico, creando un’unità estetica che contribuisce all’armonia dell’intero ambiente.

Il presbiterio è il cuore della chiesa, dominato da un grande Crocifisso in legno realizzato dalla scuola di Ortisei in Val Gardena. La figura di Cristo è rappresentata come Re e Signore, in una postura maestosa e solenne, che attira l’attenzione dei fedeli e rappresenta un richiamo forte alla spiritualità.