Scendendo a circa cinque metri di profondità sotto il pavimento della chiesa del Santissimo Rosario, si entra in un mondo silenzioso e carico di memoria: un intricato sistema di cripte sotterranee. Questi ambienti nacquero storicamente dall'esigenza di offrire una degna sepoltura privata ai defunti delle famiglie nobiliari che godevano del "giuspatronato", ovvero il privilegio di possedere una propria cappella nella navata superiore e di farvi celebrare messe da sacerdoti di loro scelta. L'intero percorso si sviluppa in senso longitudinale, partendo dalle fondamenta della cappella della famiglia Castaldi fino ad arrivare all'area sottostante la sagrestia. Oggi, l'antico ingresso situato nella cappella Castaldi è sigillato e coperto da una lastra trasparente, motivo per cui l'unica via per esplorare questi sotterranei è scendere da una stretta scala posta proprio nei locali dell'attuale sagrestia.
Una volta scesi i gradini, il visitatore viene accolto da un vasto ipogeo umido, illuminato fiocamente e dotato di un piccolo altare rivolto a oriente, circondato da alcune epigrafi commemorative incise nel marmo. Questo primo grande spazio, che si trova esattamente sotto il locale dell'estinta Confraternita del Rosario, ha purtroppo sofferto l'incuria del tempo, venendo utilizzato verso la fine del Novecento come deposito per tegole, vecchie mattonelle e materiali di risulta dei lavori eseguiti al piano di sopra. Da questo stesso ambiente, un'apertura nel muro lascia intravedere una stanza ormai inaccessibile: si tratta della cripta dei sacerdoti, situata proprio in corrispondenza del soprastante altare maggiore e un tempo riservata esclusivamente al riposo eterno degli ecclesiastici.
Proseguendo l'esplorazione attraverso un corridoio, si entra nel cuore più particolare e storicamente affascinante di questi sotterranei. Le sale adiacenti, debolmente areate da piccole finestrelle che si affacciano sullo spiazzo esterno della chiesa, sono caratterizzate dalla presenza di una lunga e ininterrotta fila di colatoi. Si tratta di sedili in pietra dotati di un foro centrale, un accorgimento architettonico e funerario introdotto dalla dominazione spagnola nel corso del Seicento per favorire una decomposizione accelerata e igienica dei cadaveri. I defunti venivano adagiati su questi troni di pietra e, per evitare che scivolassero in avanti, venivano sorretti all'altezza delle spalle o delle braccia tramite dei bastoncini di legno, incastrati in appositi fori ancora oggi ben visibili lungo le pareti. Attraverso il foro del sedile, i corpi venivano messi a "scolo", permettendo ai liquidi di defluire in un canaletto a terra collegato direttamente alla rete fognaria dell'edificio.
Dopo un periodo di tempo variabile, che poteva prolungarsi anche per diversi mesi, i resti ossei purificati venivano raccolti per essere sepolti definitivamente in un luogo a parte o all'interno di un ossario comune. L'atmosfera austera e solenne di questa antica pratica è ancora tangibile nella terza sala; qui, infatti, al centro dell'ambiente si trova un contenitore trasparente che custodisce ossa e teschi umani, muti testimoni di coloro che un tempo occuparono quei sedili in pietra. Il nostro viaggio nel sottosuolo si conclude infine nel quarto e ultimo ambiente, che conduce alla scala murata che un tempo saliva verso la ricca cappella Castaldi, chiudendo così un percorso che unisce intimamente l'arte e la devozione della chiesa superiore con il profondo senso della caducità umana nascosto nelle sue fondamenta.