L’interno della chiesa presenta una pianta a croce latina con una sola navata e cinque cappelle laterali.

I colori attuali della navata, un mix di arancio e verde, non sono quelli originali, essendo stati applicati nel periodo in cui la chiesa divenne collegiata, tra il 1899 e gli anni Ottanta del Novecento.

La facciata della Chiesa del Santissimo Rosario, situata nel centro storico di Afragola, è stata recentemente restaurata. Originariamente di colore giallo paglierino, è stato ripristinato un colore rosaceo, considerato più vicino a quello originale e più adatto all’estetica ecclesiastica, secondo gli studi della Soprintendenza.

Il soffitto della chiesa, attualmente vuoto, ospitava fino agli anni Ottanta del Novecento una “Gloria di San Domenico”, opera che aveva già sostituito un precedente dipinto simile risalente al 1782 e realizzato dal pittore locale Angelo Mozzillo.

Nel presbiterio si trova un altare settecentesco in marmi intarsiati. Sopra l’altare è visibile una copia della “Madonna con Bambino fra San Gennaro e San Domenico”, il cui originale, dipinto per la Certosa di San Martino da Giovanni Lanfranco, fu acquistato dalla collegiata del Santissimo Rosario alla fine dell’Ottocento. L’opera originale è custodita dal 1984 al Museo di Capodimonte.

Nel presbiterio è presente anche il capitolo dei padri domenicani in legno, non originale, poiché l’impianto precedente fu distrutto da un incendio avvenuto nel Settecento, probabilmente durante il periodo giacobino. Tuttavia, un elemento dell’antico impianto è sopravvissuto: una formella del 1654 raffigurante Sant’Andrea, realizzata poco prima della peste che colpì anche la comunità domenicana.