Nel diciassettesimo secolo, l'intera piana campana fu scossa dai devastanti venti della Guerra dei Trent'anni. Per sostenere le immense spese militari di questo interminabile conflitto, l'Impero spagnolo si trovò in una condizione di cronica asfissia finanziaria, spingendo le autorità vicereali a Napoli a compiere scelte estreme pur di rimpinguare l'erario statale ormai completamente esausto. Fu in questo scenario che, nel 1639, il viceré di Napoli Ramiro Felipe Núñez de Guzmán, duca di Medina, prese la drastica decisione di mettere all'asta e vendere a privati i "casali" demaniali di Napoli e di Nola. Per la comunità di Afragola, questa notizia rappresentò una minaccia spaventosa: il rischio imminente era quello di ricadere sotto il giogo di un feudatario privato, vanificando la preziosa libertà che i cittadini avevano faticosamente conquistato e pagato a caro prezzo nel 1576, quando si erano riscattati dalla famiglia Capece-Bozzuto per ben ventisettemila ducati.
Gli afragolesi tentarono inizialmente ogni via legale per opporsi a questo sopruso, impugnando la decisione vicereale e richiamando con forza le speciali clausole protettive inserite nel loro originario atto di riscatto. Tuttavia, dinanzi alle pressanti esigenze di cassa della Corona spagnola, ogni forma di ricorso formale fu respinta. La determinazione a difendere la propria libertà demaniale spinse allora la popolazione a compiere un gesto di disperato eroismo civile. L'8 febbraio 1639, nel corso di un concitato e solenne pubblico parlamento, gli amministratori e i cittadini dell'Università di Afragola si riunirono per deliberare la linea d'azione. Nei verbali dei Notamenti del Consiglio Collaterale dell'epoca è custodita una frase drammatica che fotografa perfettamente la disperazione e la fierezza del popolo afragolese di fronte alla prospettiva di un nuovo infeudamento: i cittadini dichiararono infatti «che si vendessero i figli per restare in demanio di Sua Maestà».
Per evitare la catastrofe di una nuova sottomissione baronale, l'Università propose al Regio Fisco una transazione finanziaria per potersi mantenere stabilmente sotto il protettivo Regio Demanio. La transazione fu infine accettata, ma a prezzo di un sacrificio economico monumentale. Sulla reale entità della somma versata, le fonti storiche presentano alcune interessanti oscillazioni: sebbene lo storico settecentesco Lorenzo Giustiniani indichi la cifra di diciottomila ducati, i documenti d'archivio locali e le memorie del tempo testimoniano il pagamento di una somma ben più cospicua, pari a trentamila ducati (mentre altre carte quantificano in ventimila ducati la quota netta versata al fisco). Non disponendo di una simile liquidità, il Comune fu costretto a indebitarsi pesantemente, ricorrendo a massicci prestiti contratti con facoltosi creditori privati. Di fronte alla necessità di tutelare e garantire il rientro dei capitali prestati sia ad Afragola che ad altri casali limitrofi per questo riscatto, fu incaricato il celebre giurista e avvocato afragolese Giulio Capone (1612-1673), una delle menti giuridiche più brillanti della città, il quale seguì minuziosamente tutte le delicate fasi legali del recupero delle somme.
Questo secondo immenso riscatto dissanguò letteralmente le finanze dell'Università e compromise gravemente la ricchezza delle famiglie locali. Il peso dei debiti contratti fu talmente opprimente che, ancora nel 1653, a distanza di quattordici anni dall'accordo, l'amministrazione cittadina fu costretta a chiedere al viceré la proroga per altri tre anni dell'esazione della gabella sulla farina e sul grano al fine di riuscire a pagare i gravosi interessi e le quote di capitale ai creditori. Tuttavia, la convinzione profonda della comunità risiedeva in un principio che già nel 1631 il presidente Salinas aveva espresso con parole memorabili difendendo la vicina Frattamaggiore: «Per la libertà qualunque cosa poteva sopportarsi».
Purtroppo, questa prolungata pressione fiscale e l'impoverimento generale seminarono un malcontento profondo che non tardò a esplodere. Nel 1647, quando a Napoli divampò la celebre rivolta di Masaniello, la scintilla dell'insurrezione trovò ad Afragola un terreno estremamente fertile e disperato, sfociando in scontri violenti, aspri e infuocati tra i ribelli e le fazioni regie. Ciononostante, grazie a quell'immenso sacrificio del 1639, Afragola non tornò mai più a essere il feudo privato di un barone, rimanendo per sempre un libero casale demaniale della Corona regia.