La pianta è di tipo basilicale a navata unica, senza transetto, e segue uno schema semplice, caratteristico delle chiese rurali medievali.

La navata unica è rettangolare, di proporzioni allungate, e presenta cappelle laterali disposte lungo le pareti nord e sud. Queste cappelle non sono simmetriche: quelle sul lato sud risultano più ampie e meglio decorate rispetto a quelle sul lato nord. Gli archi ribassati che separano le cappelle sono poggiati su pilastri in muratura decorati con lesene a capitello composito, aggiunti durante i restauri tra il XIX e il XX secolo.

La facciata della chiesa, rivolta verso est, è suddivisa in tre livelli principali, delimitati da cornici marcapiano poco aggettanti. La parte inferiore presenta un portale con arco ribassato in pietra calcarea sagomata, tipico della fine del XIX secolo. Due contrafforti verticali partono dalla base della scalinata e raggiungono il marcapiano, contribuendo alla stabilità della struttura.
Al secondo livello, sopra il portale, si trova una nicchia con resti di un affresco raffigurante una Madonna col Bambino, sebbene oggi sia quasi del tutto scomparso.

La facciata termina con un timpano triangolare che nasconde le capriate interne, coronato da una croce in ferro. Questo aspetto sobrio, ma slanciato, rispecchia gli stili ottocenteschi, pur mantenendo elementi più antichi, come le proporzioni verticali e le monofore​.

Le cappelle laterali della Chiesa di San Marco in Sylvis si sviluppano lungo le pareti nord e sud della navata unica, ma non seguono una disposizione simmetrica. Le cappelle sul lato sud sono più ampie e ornate rispetto a quelle del lato nord, che risultano più semplici e meno decorate. Gli ingressi alle cappelle sono segnati da archi ribassati in muratura, poggianti su pilastri decorati con lesene a capitello composito, aggiunte durante i restauri del XIX secolo.

Tra le cappelle principali, spicca quella dedicata a San Giovanni Evangelista, situata sul lato sud. Questa cappella è considerata una delle più antiche della chiesa e presenta un altare in muratura sormontato da una piccola cupola emisferica priva di tamburo. Le sue decorazioni sono semplici, ma conserva affreschi che risalgono probabilmente al Cinquecento. Sempre sul lato sud, si trovano due cappelle dedicate a Santa Maria delle Grazie, conosciute come "De Jorio" e "d'Alfieri", dal nome delle famiglie nobiliari che le possedevano. Queste cappelle ospitavano sepolture gentilizie e sono arricchite da altari decorati.

Nel corso del tempo, le cappelle non furono soltanto spazi di culto privato ma anche luoghi di sepoltura per le famiglie nobili locali, come testimoniano le iscrizioni e i resti di lapidi rinvenuti durante i restauri. Sebbene alcune siano state modificate o integrate con decorazioni barocche nel XVIII secolo, le cappelle continuano a rappresentare un’importante testimonianza artistica e storica, intrecciando elementi medievali, rinascimentali e barocchi che riflettono le trasformazioni subite dalla chiesa nel corso dei secoli.

Gli affreschi della Chiesa di San Marco in Sylvis rappresentano una testimonianza straordinaria della pittura sacra del Cinquecento, diffusi sia all’interno che all’esterno dell’edificio. Questi dipinti, purtroppo danneggiati dal tempo e dagli agenti atmosferici, offrono un affascinante spunto per esplorare la ricchezza artistica e iconografica della chiesa.

All'interno, i più significativi si trovano nella prima cappella nord, dove un affresco raffigura la Vergine col Bambino, San Pietro, Sant’Antonio da Padova e San Marco. La datazione al 1521, riportata nell'iscrizione, ne attesta la realizzazione nel periodo rinascimentale.

Un altro affresco rilevante è quello situato sul pilastro tra la quinta e la sesta cappella, che raffigura la Madonna col Bambino. Le dimensioni contenute e lo stile dettagliato richiamano l’influenza della scuola pittorica napoletana cinquecentesca.

Nella sesta cappella sud si trova un imponente trittico che include la Vergine delle Grazie, Padre Eterno, Santo Stefano e Sant’Antonio Abate. Questo affresco, di dimensioni notevoli, presenta una composizione straordinaria, con la figura del Padre Eterno nella lunetta superiore e la Madonna col Bambino circondata dai santi nella parte inferiore.

Un altro esempio significativo è l'affresco della Pietà situato nella sacrestia, che si distingue per la sua datazione precisa: 12 settembre 1564. Quest'opera, incorniciata in un’edicola, è uno dei pochi affreschi a riportare una data, contribuendo a fissare temporalmente un'importante fase artistica della chiesa. Inoltre, nella nicchia sulla parete nord, è emerso un affresco che, seppur visibile solo parzialmente, raffigura il Calvario con uno sfondo urbano, un dettaglio inaspettato che risale ai lavori di restauro del 1987.

Un’altra opera esterna, l'Edicola della Pietra di San Marco, raffigura San Marco e San Gennaro, evidenziando il legame della chiesa con le tradizioni locali e i santi venerati.

Nel 1868, sono stati eseguiti interventi significativi sul pavimento, innalzandolo di quasi mezzo metro rispetto alla quota originale. Questo cambiamento è stato effettuato per rispondere alle necessità strutturali e funzionali dell’edificio, probabilmente dovute a problemi legati all’umidità e all’uso continuo della chiesa nel corso dei secoli.

Il presbiterio è una delle parti più antiche e suggestive dell’edificio, caratterizzato da una struttura semplice e funzionale che riflette il suo uso liturgico e la lunga storia della chiesa. Con una pianta rettangolare, il presbiterio è leggermente sopraelevato rispetto al livello della navata ed è coperto da una volta a crociera, che contribuisce a dare profondità e solennità all’ambiente.

In origine, il presbiterio era illuminato da due monofore laterali e da un finestrone absidale. Tuttavia, nel corso dei secoli, queste aperture hanno subito modifiche: la monofora sul lato nord è stata chiusa, mentre quella sul lato sud è stata oscurata dalla costruzione del campanile, eretto sul lato sud dell’abside. Questi interventi hanno leggermente alterato l’illuminazione originale, ma non hanno compromesso il fascino dell’area.

Al centro del presbiterio si trova l’altare maggiore, uno degli elementi più rilevanti dal punto di vista storico e artistico. Questo altare, trasferito nel 1897 dalla Chiesa di San Marco all’Olmo per volontà del sacerdote Luigi M. Jazzetta, è un’opera barocca decorata con angeli scolpiti e un paliotto riccamente lavorato. L’altare maggiore sostituisce la più antica ara in muratura e rappresenta oggi il punto focale del presbiterio, dove si concentrano le celebrazioni liturgiche.

Nel complesso, il presbiterio della Chiesa di San Marco in Sylvis conserva elementi che testimoniano le sue origini medievali e le trasformazioni avvenute nel tempo, come le monofore chiuse e le modifiche strutturali apportate per adattarlo alle esigenze liturgiche. È un luogo che intreccia storia, arte e spiritualità, mantenendo vivo il legame tra passato e presente.

La croce in pietra presente nella Chiesa di San Marco in Sylvis è un elemento affascinante che ha suscitato numerosi interrogativi storici. Scolpita secondo il modello delle croci templari, essa si trova nella seconda cappella a destra, quella di Alfieri, poggiando su una mensola in pietra.

L'assenza di questa croce nelle fonti storiche tradizionali, come quelle di Luigi M. Iazzetta, Giuseppe Castaldi o Gaetano Capasso, ha suscitato un grande interesse. Nonostante ciò, la croce è stata oggetto di analisi moderne, e gli studiosi ritengono che il suo stile possa essere compatibile con quello delle croci ritrovate nelle sedi templari.

Alcuni storici suggeriscono che la sua presenza potrebbe essere legata a un contesto più ampio, in particolare alla vicinanza della chiesa con la località di Cicciano, dove si trovava una delle sedi templari più prossime a Napoli.

Nonostante la sua natura misteriosa, la croce rappresenta un importante simbolo e un elemento distintivo dell'architettura e della storia di San Marco in Sylvis, che merita un approfondimento in futuro.