Con l'arrivo degli Alleati e la fine delle ostilità sul territorio, Afragola iniziò un faticoso ritorno alla normalità in un clima di ritrovata libertà democratica. Dal 1944 si susseguirono le prime nomine a sindaco di transizione, come quella di Claudio Visco e dell'avvocato Ferdinando Iazzetta. La popolazione viveva in condizioni di estrema miseria, tra strade dissestate e atavici problemi fognari, ma cercava di risollevarsi riattivando il dibattito cittadino, testimoniato anche dalla nascita nel gennaio del 1946 del giornale periodico locale "L'eco afragolese". Un momento cruciale si verificò il 2 giugno 1946 in occasione del Referendum Istituzionale: il popolo afragolese, legato a mentalità ancora profondamente tradizionaliste, si schierò nettamente in favore della monarchia (esprimendo ben 11.658 voti) rispetto alla neonata repubblica (che ottenne appena 3.161 preferenze).
Circa quattromila anni fa, in un periodo che gli studiosi definiscono Età del Bronzo Antico (intorno al 1800 a.C.), il territorio dove oggi sorge Afragola ospitava una fiorente e complessa comunità. Questo straordinario insediamento è riemerso dal buio dei millenni solo in tempi recenti, tra il 2004 e il 2009, grazie alle vaste indagini archeologiche condotte per la realizzazione della nuova stazione dell'Alta Velocità. La perfetta e sbalorditiva conservazione di questo villaggio preistorico si deve a un evento naturale tanto catastrofico quanto prezioso per la memoria storica: la violenta eruzione del Vesuvio nota agli scienziati come eruzione delle Pomici di Avellino. Una fitta e letale pioggia di ceneri e materiale piroclastico ricoprì progressivamente l'intera area campana, provocando il crollo delle abitazioni sotto l'enorme peso dei sedimenti, ma sigillando al contempo la vita quotidiana di quella comunità sotto una spessa coltre protettiva, regalandoci una vera e propria Pompei della preistoria.