Con l'arrivo degli Alleati e la fine delle ostilità sul territorio, Afragola iniziò un faticoso ritorno alla normalità in un clima di ritrovata libertà democratica. Dal 1944 si susseguirono le prime nomine a sindaco di transizione, come quella di Claudio Visco e dell'avvocato Ferdinando Iazzetta. La popolazione viveva in condizioni di estrema miseria, tra strade dissestate e atavici problemi fognari, ma cercava di risollevarsi riattivando il dibattito cittadino, testimoniato anche dalla nascita nel gennaio del 1946 del giornale periodico locale "L'eco afragolese". Un momento cruciale si verificò il 2 giugno 1946 in occasione del Referendum Istituzionale: il popolo afragolese, legato a mentalità ancora profondamente tradizionaliste, si schierò nettamente in favore della monarchia (esprimendo ben 11.658 voti) rispetto alla neonata repubblica (che ottenne appena 3.161 preferenze).
Il territorio su cui oggi sorge Afragola fu abitato sin dalla preistoria, in un periodo compreso tra il Neolitico avanzato e l'età del bronzo. La testimonianza più sensazionale di quest'epoca è il Villaggio del bronzo antico di Afragola, scoperto nel 2005 durante i lavori archeologici preventivi per la linea dell'Alta Velocità. Questo fiorente insediamento (le cui capanne erano strutturate con forni e aree per la vita quotidiana) fu improvvisamente distrutto e sigillato da una devastante eruzione del Vesuvio, nota come eruzione delle Pomici di Avellino, avvenuta quasi 4000 anni fa. La pioggia di cenere e materiale vulcanico provocò il sollevamento del suolo di oltre un metro, costringendo le popolazioni alla fuga ma conservando eccezionalmente intatte le strutture del villaggio fino ai giorni nostri.