Entro il 2025 verrà completata la variante della tratta Napoli-Cancello, parte della ferrovia Roma-Cassino-Napoli, per consentire l'accesso alla stazione di Afragola anche ai treni del trasporto pubblico locale. La tratta storica, inclusi i passaggi a livello e le stazioni di Casalnuovo e Acerra, verrà soppressa e sostituita da una nuova stazione con interscambio con la Circumvesuviana. Sono previste nuove fermate a Marziasepe e Murillo Fatigati, con 8 binari totali, di cui 2 a scartamento ridotto per le linee vesuviane.
Afragola sarà capolinea della futura Linea 10 della metropolitana di Napoli, che collegherà diversi comuni con Napoli, attraverso 13 stazioni su un tracciato di 13 km. Il progetto, approvato nel 2022, ha ottenuto finanziamenti per 800 milioni di euro. Nel 2021 è stato inoltre approvato un progetto per collegare Afragola AV alla stazione di Casoria Arpino-Volla sulla linea Napoli-Nola-Baiano.